Program unggulan MAN 2 Karanganyar bidang keIslaman ialah Tahfidzul Qur’an. Adanya program tahfidz ini diharapkan seluruh siswa dapat memupuk dirinya dengan semangat qur’ani, sehingga mampu melahirkan generasi yang berkarakter dan berpegang teguh terhadap Al-Qur’an, karena bagaimanapun Al-Quran adalah relevansi Mahakarya yang berisikan firman Allah Swt.
Hal ini tidak diragukan lagi guna menjawab berbagai macam tantangan zaman yang semakin kompleks. Termasuk tantangan dalam membentuk pribadi yang berkepercayaan diri tinggi dan menciptakan generasi islami nan qur’ani.
Program Tahfidz Al Qur’an di MAN 2 Karanganyar adalah program hafalan 30 juz dengan beban belajar 2 jam per minggu. Program ini dimasukkan dalam kegiatan muatan lokal. Kelas X dengan target surat Al Fatihah sampai dengan surat As Syams, kelas XI hafal surat al Balad sampai dengan surat Insyiqoq dan kelas XII hafal surat Al Muthoffifin sampai dengan surat An Naba:
Disamping program intrakurikuler, penguatan Tahfidz Al Qur’an di MAN 2 Karanganyar juga membuka ekstrakurikuler Tahfidz dan Qiro’ah. Untuk memfasilitasi dan mendukung program madrasah dalam menuntaskan buta huruf Hijaiyah, MAN 2 Karanganyar juga memiliki program BTA (Baca Tulis Al Qur’an) bagi siswa-siswi MAN 2 Karanganyar yang belum tuntas Bacaan Iqro, dan masih belum bisa membaca kitab Al Qur’an.